La communauté juive de Venise, après la promulgation des lois raciales en septembre 1938, et jusqu'en 1943, connut une période difficile, entre les exclusions et la discrimination, d'abord sous la préfecture d'Aldo Finzi et, à partir du 16 juin 1940, sous la présidence du professeur Giuseppe Jona.

Les événements se gâtèrent aussi à Venise après le 8 septembre 1943. L’occupation allemande de Mestre et de Venise (le 9 et 10 septembre) marqua le début de la “solution finale”. Le 17 septembre, le président de la communauté, le professeur Jona, se suicida afin de ne pas remettre les listes d’inscriptions de la communauté vénitienne. Le “manifeste programmatique” et les décrets de novembre 1943 déclarèrent les Juifs étrangers et ennemis de la nation, prévoyant leur arrestation et la confiscation de leurs biens. Certains Juifs parvinrent clandestinement à se réfugier en Suisse, à atteindre des lieux dans le sud de l’Italie ou à s’échapper dans des maisons de campagne; d’autres furent dépistés et embarqués par les milices de la République Sociale Italienne, détenus dans des lieux de rassemblement (la prison de Santa Maria Maggiore, la Giudecca, le Liceo “M. Foscarini “) puis envoyés à Fossoli, jusqu’en juillet 1944, pour rejoindre par la suite Bolzano et la Risiera di San Sabba à Trieste.

Les arrestations et les déportations ont eu lieu principalement entre les premiers jours de décembre 1943 (la rafle du 5 décembre) et l’été 1944, mais elles se sont poursuivies jusqu’aux premiers mois de 1945. Un moment particulièrement douloureux fut l’arrestation des 21 occupants de l’Hospice Israelite, le 17 août 1944, avec parmi eux le vieux rabbin Adolfo Ottolenghi, qui voulait suivre le sort de ses coreligionnaires. Tous ont été transportés dans des wagons blindés, la plupart en direction d’Auschwitz-Birkenau.

Les persécutions nazies-fascistes durèrent dix-huit mois, au cours desquels, malgré les dangers, la vie de la communauté juive s’est poursuivie dans le ghetto, avec l’aide des non-juifs et de l’Eglise, qui s’étaient mobilisés à l’époque. Il y eut246 Juifs vénitiens arrêtés et déportés entre 1943 et 1944. Une pierre tombale rappelle à jamais leurs noms sur le Campo del Ghetto Nuovo, ainsi qu’un monument dédié à la Shoah réalisé par le sculpteur Blatas.

La Communauté commença sa difficile reprise au printemps 1945. Il y eut d’abord un comité provisoire, puis un nouveau Conseil, présidé par M. Cf. Vittorio Fano, et puis lentement la communauté entama une nouvelle vie, avec une renaissance du culte, de l’école, des institutions et de l’assistance. Avec l’élection du Dr Elio Toaff comme Grand Rabbin de Venise en octobre 1946, le qehila vénitien reprit sa marche séculaire.